佐世保市は九州の北西端に位置するため、東シナ海からの暖かい対馬海流の影響を受けて、全体的に温暖で寒暖差の小さい海洋性気候です。
梅雨から夏にかけては温暖多湿となるため、じめじめします。
夏の気温は、7月中旬から9月上旬にかけて30℃を上回ります。35℃を超える猛暑日は基本的に少ないです。
※全国的に猛暑となった2024年は、7月から9月にかけて約30日ありました。
冬の気温は平均4℃前後で、雪が降ることはめったにありません。

佐世保は地震が非常に少なく、日本政府が発表している「地震調査研究推進本部（文部科学省）」によると、2019年から30年以内に「震度6弱以上の揺れ」に見舞われる確率は0.2％以下となっています。

※平均気温18.3℃／震度6弱以上の揺れの確立0.2％以下